Κατά την 1η δραστηριότητα της παρούσας φάσης του σεναρίου, οι μαθητές πειραματίζονται με την τρισδιάστατη δομή των μορίων των οργανικών ενώσεων. Αρχικά εργαζόμενοι ανά ομάδες προσπαθούν να μαντέψουν με βάση τις προϋπάρχουσες γνώσεις τους τα σχήματα καθώς και τις χρήσεις διάφορων γνωστών οργανικών μορίων, επιλέγοντας μεταξύ συγκεκριμένων περιγραφών. Αφού μεσολαβήσει συζήτηση με όλη την τάξη, ο καθηγητής προβάλλει μία παρουσίαση που δίνει τις σωστές απαντήσεις. Στη συνέχεια καλούνται οι μαθητές να σχολιάσουν γραπτώς τις διαφορές που παρατηρούν μεταξύ ανόργανων και οργανικών μορίων.

Κατά την 2η δραστηριότητα της παρούσας φάσης του σεναρίου, καλούνται οι μαθητές να ανακαλέσουν από τη μνήμη τους τα σχετικά με το πλήθος των ομοιοπολικών δεσμών που κάνει κάθε στοιχείο που συνήθως βρίσκουμε σε οργανικές ενώσεις. Κατόπιν και μετά τον έλεγχο των απαντήσεών τους με όλη την τάξη και τον καθηγητή τους, καλούνται να πειραματιστούν με την προσομοίωση του phET "Δημιουργία Μορίου", κατασκευάζοντας με τα διαθέσιμα υλικά που αναγράφονται στο Φύλλο Εργασίας 1 οργανικά μόρια με σωστό τρόπο. Ακολουθεί ο έλεγχος των αποτελεσμάτων με όλη την τάξη και τον καθηγητή και σχολιασμός τους. Οι μαθητές ενθαρρύνονται να χρησιμοποιήσουν την προσομοίωση και στο σπίτι τους και να αναφέρουν στο επόμενο μάθημα τις δημιουργίες τους.

Έτσι μετά από τις προαναφερθείσες δραστηριότητες οι μαθητές:

1. Θα έχουν αντιληφθεί την τρισδιάστατη δομή των μορίων
2. Θα μπορούν να κατασκευάζουν με την βοήθεια του λογισμικού σωστά οργανικά μόρια