Η δεύτερη φάση μέσα από την αξιοποίηση της εξαιρετικά διαδραστικής πλατφόρμας Molecular Workbench οδηγεί σε μια εισαγωγή στα μακρομόρια που περιλαμβάνει τρεις υποενότητες και αντίστοιχα τρεις προσομοιώσεις.

1. Πόσο μεγάλο είναι ένα μακρομόριο;

Μέσα από τη διαδραστική προσομοίωση "Δυνάμεις του Δέκα" οι μαθητές και οι μαθήτριες συγκρίνουν τα μεγέθη διαφόρων οντοτήτων από το γαλαξία μέχρι τα υποατομικά σωματίδια και οδηγούνται στην κατανόηση του μεγέθους και τη τακτοποίηση των μακρομορίων ανάμεσα στα μεγέθη που καταλαβαίνουν.

2. Η φυσική υπόσταση των μακρομορίων

Οδηγεί στην εμπέδωση της προηγούμενης τακτοποίησης και στη καταγραφή της χημικής σύστασης των μακρομορίων μέσα από τη σύγκριση μικρών μορίων με μακρομόρια και την διερεύνηση του είδους των ατόμων που συνιστούν τα μακρομόρια.

3. Μονομερή και πολυμερή

3.1 Εισάγει την έννοια του πολυμερισμού και αναφέρεται στην ύπαρξη πολυμερών από πανομοιότυπα μονομερή ή από διαφορετικά είδη χημικά συγγενών μονομερών.

3.2 Ακόμη η τέταρτη φάση περιλαμβάνει και την ανασκόπηση του μαθήματος και τη παραγωγή ενός κειμένου με τα χαρακτηριστικά των μακρομορίων και τη δημιουργία ηλεκτρονικής αναφοράς που μπορεί να αξιοποιηθεί για την αξιολόγηση  τόσο του σεναρίου όσο και των εκπαιδευομένων.