Οι μαθητές παραμένουν στις ομάδες που έχουν δημιουργηθεί στην 1^η φάση του σεναρίου. Κάθε ομάδα παίρνει ένα φύλλο εργασίας το οποίο θα συμπληρώσει και θα παραδώσει στον καθηγητή. Ο καθηγητής καθοδηγεί τους μαθητές στη συμπλήρωση, ακολουθώντας τα βήματα όπως περιγράφονται στο φύλλο εργασίας.

Μετά την ερώτηση του 1^ου βήματος στο φύλλο εργασίας ο καθηγητής παρεμβαίνει και δηλώνει:

Στη φύση υπάρχουν 100 περίπου διαφορετικά είδη ατόμων.

Μετά την ερώτηση του 2ου βήματος ο καθηγητής παρεμβαίνει και δίνει τον ορισμό των προσομοιωμάτων.

Προσομοιώματα στη χημεία ονομάζουμε τα σφαιρίδια με τα οποία παριστάνουμε τα άτομα.

Ο καθηγητής επιδεικνύει τα προσομοιώματα του ατόμου του υδρογόνου, του άνθρακα, του αζώτου, του οξυγόνου,  του θείου και του χλωρίου από τα προσομοιώματα του σχολικού εργαστηρίου.

Ανοίγει την προσομοίωση του Phet «Δημιουργία μορίου» σηκώνει ένα μαθητή στον διαδραστικό πίνακα ή στον υπολογιστή και του ζητάει να δείξει στους συμμαθητές του κάποια άτομα στοιχείων που είναι στα κιβώτια 1 και 2 και 3 στις καρτέλες «Δημιουργία μορίου», «Συλλογή πολλών» και «Μεγαλύτερα μόρια».

Στη συνέχεια οι μαθητές συμπληρώνουν την ερώτηση του 3^ου βήματος του Φύλλου Εργασίας.

Στο σημείο αυτό ο καθηγητής τονίζει το γεγονός ότι τα άτομα δεν έχουν χρώμα και ότι είναι πολύ μικρά. Μπορούμε να τα δούμε μόνο με ηλεκτρονικό μικροσκόπιο.

Ο καθηγητής παρεμβαίνει και θυμίζει ότι σύμφωνα με τη θεωρία του Ντάλτον τα άτομα ενώνονται και φτιάχνουν μόρια.

Ονομάζει τα άτομα και τα μόρια δομικές  μονάδες. Στο σημείο αυτό ο καθηγητής μπορεί να αναφέρει ότι υπάρχει και ένα άλλο είδος δομικών μονάδων, τα ιόντα που θα μελετήσουν στο επόμενο μάθημα.

Ο καθηγητής σηκώνει διαδοχικά μαθητές στον πίνακα από διαφορετικές ομάδες και τους ζητάει να δομήσουν τα μόρια του υδρογόνου, του οξυγόνου του αζωτου και του όζοντος με άτομα. Στη δημιουργία του πρώτου μορίου ο δάσκαλος έχει μεγάλη συμμετοχή ενώ στη συνέχεια όταν οι μαθητές κατανοήσουν την τεχνική δημιουργίας των δομικών μονάδων δρουν μόνοι τους. Ταυτόχρονα κάθε ομάδα μαθητών, στα θρανία, φτιάχνουν αυτές τις δομικές μονάδες με πλαστελίνες που έχουν φέρει από το σπίτι και οδοντογλυφίδες. Εδώ ο καθηγητής αναφέρει ότι δεν υπάρχουν μόνο προσομοιώματα ατόμων αλλά και μορίων.

Ζητάει από τους μαθητές να δομήσουν μόρια απο χημικές ενώσεις όπως του νερού, του μονοξειδίου του άνθρακα, της αμμωνίας, του υδροχλωρίου. Επειδή οι μαθητές δεν γνωρίζουν τη σύσταση των ουσιών αυτών ο καθηγητής τους καθοδηγεί και με τη βοήθεια του λογισμικού (PHET) και  μερικές προσπάθειες μπορούν να ολοκληρώσουν επιτυχώς τη διαδικασία. 

Οι μαθητές συμπληρώνουν τις ερωτήσεις του 4^ου βήματος.

Στη συνέχεια ο καθηγητής γενικεύει:

Όταν ενώνονται όμοια άτομα, δημιουργούνται μόρια χημικών στοιχείων.

Ο καθηγητής εδώ προαιρετικά μπορεί να αναφέρει ότι υπάρχουν χημικά στοιχεία όπως για παράδειγμα το ήλιο που τα συναντάμε ελεύθερα στη φύση με τη μορφή ατόμων. Στην περίπτωση αυτή οι έννοιες του ατόμου και του μορίου συμπίπτουν.

Όταν ενώνονται διαφορετικά άτομα, δημιουργούνται μόρια χημικών ενώσεων.

Η φάση ολοκληρώνεται με μία ερώτηση αντιστοίχησης και μία πολλαπλή επιλογής από τα εργαλεία της πλατφόρμας.